Hệ vi sinh vật là một thuật ngữ chỉ một cộng đồng vi khuẩn tồn tại trên hoặc bên trong cơ thể và có mối quan hệ sinh thái độc đáo với vật chủ. Mối quan hệ này bao gồm nhiều loại vi sinh vật và sự tương tác giữa các vi sinh vật.