माइक्रोफ़्लोरा एक शब्द है जो बैक्टीरिया के एक समुदाय को संदर्भित करता है जो शरीर पर या उसके अंदर मौजूद होता है, और मेजबान के साथ एक अद्वितीय पारिस्थितिक संबंध रखता है। इस रिश्ते में सूक्ष्मजीवों की एक विस्तृत विविधता और रोगाणुओं के बीच की बातचीत शामिल है।