ترتفع نسبة الأمونيا في الأفراد المصابين بأمراض الكبد الحادة والمزمنة ومن المعروف أنها تؤثر على الدماغ في اضطرابات أخرى مثل متلازمة راي وبعض الاضطرابات الأيضية. عادة ما يتم تحويل الأمونيا إلى يوريا في الكبد وإخراجها من الجسم عن طريق البول. الأمونيا شديدة السمية للدماغ.