الميكروفلورا هو مصطلح يشير إلى مجتمع البكتيريا الموجودة داخل الجسم أو داخله ، ولها علاقة بيئية فريدة مع المضيف. تشمل هذه العلاقة مجموعة واسعة من الكائنات الحية الدقيقة والتفاعلات بين الميكروبات.